épisode 1: je ne suis pas un montre
Malcolm, Reese et Dewey se disputent les deux gaufres restantes dans la cuisine pendant que Lois, la mère, rase tous les poils de leur père, Hal. Une fois les garçons à table, elle apprend à Malcolm qu'il ira passer l'après-midi avec Stevie Kernaban, un enfant handicapé sur une chaise roulante et asthmatique à un degré élevé. Cela ne réjouit guère Malcolm, car il est dans une classe spéciale de surdoués à l'école, la classe des "Têtes d'ampoule", avec des élèves particulièrement impopulaires. Malgré tout, Malcolm passe son après-midi avec Stevie et s'étonne de l'emprise que ses parents exercent sur lui, à tel point qu'il ne peut pas regarder la télévision. Mais les deux garçons trouvent le moyen de briser la glace : ils ont une passion commune pour les bandes dessinées. Le contact est établi et promet une belle amitié.
Le lendemain à l'école, Malcolm est convoqué par Caroline Miller, l'institutrice et des "Têtes d'ampoule", et lui fait passer un test que Malcolm ne réussit comme aucun autre, au plus grand étonnement de la jeune femme.
À la fin d'un repas, Lois annonce à toute la famille que Malcolm possède un quotient intellectuel de 165, et qu'il va devoir aller dans une classe spéciale ! Cette nouvelle étonne tout le monde, et Malcolm le premier qui n'a aucune envie de déménager dans la classe des "Têtes d'ampoule" et de devenir la risée de toute l'école. Alors quand Malcolm entame sa première journée dans sa nouvelle classe, tout le petit monde de Malcolm s'écroule, lui compris : il se dispute avec son ami Stevie et se rebelle contre un caïd de l'école, Dave Spath...
épisode 2:alerte rouge
C'est l'anniversaire de mariage des parents. Lois confie à son collègue de travail Craig qu'est impatiente de passer une soirée romantique au restaurant avec son mari. Craig de son côté fantasme sur ce qu'aurait pu être cette soirée s'il était à la place de Hal. Mais plus tard, au moment de s'habiller, Lois retrouve sa robe brûlée dans les toilettes. Oubliant tous ses projets et soupçonnant immédiatement ses 3 fils, elle met en place un interrogatoire acharné pour trouver le coupable. Au programme : les forcer à tourner en rond autour d'une batte de base-ball, leur faire écouter des chansons enfantines crispantes, les maintenir la tête sous le canapé, et le pire de tout : menacer de détruire la télévision !
Heureusement, Francis accompagné par ses camarades de l'école militaire, coache et donne des conseils de résistance à ses frères par téléphone sans se douter que Lois puisse découvrir son petit jeu...
Pendant ce temps, Hal attend patiemment Lois au restaurant pour leur rendez-vous galant. Mais ne voyant pas sa femme arriver malgré ses appels téléphoniques qui restent sans réponse, il commence à commander de multiples apéritifs qui commencent à faire leurs effets...
épisode 3:seuls à la maison
Alors que Malcolm se prépare pour sortir le premier en cours de récréation, son institutrice, Caroline, le prend à part pour lui confier qu'elle aimerait mieux le connaître. Elle l'invite d'ailleurs à lui demander de l'aide si un jour il en a besoin. Cette tentative de rapprochement a cependant le don d'irriter Malcolm.
Le lendemain matin, Lois et Hal s'apprêtent à partir en week-end pour un mariage. Francis est revenu spécialement de l'école militaire pour garder ses petits frères. Malcolm surprend une conversation qu'entretiennent ses parents : si Francis s'occupe bien de ses frères et ne fait pas de bêtises, il pourra peut-être revenir définitivement à la maison.
Alors, quand les parents se sont enfin absentés, Malcolm, Reese et Dewey font tout pour être sages et surtout pour empêcher Francis de faire n'importe quoi. Malheureusement, Richie et sa bande de copains amis avec Francis s'invitent à la maison et y sèment la pagaille. Une fois ces derniers arrêtés par la police, la maison a besoin d'un grand nettoyage. La corvée terminée, les garçons se réjouissent d'avance du retour définitif de Francis, jusqu'à ce qu'une étagère tombe sur la tête de Malcolm et le blesse au crâne.
Ils réalisent alors que le prix de son hospitalisation est trop cher pour que les parents ne le découvrent pas. Ils font ainsi appel à leur seul secours, Caroline, qui avait promis de l'aide à Malcolm...
Pendant ce temps, Hal et Lois assistent au mariage, et se rendent vite compte qu'ils ne sont pas les bienvenus. Mais le couple entend bien profiter à tout prix de leur week-end seuls, sans enfants sur le dos.
épisode 4:honte
Kevin, un nouveau venu, est un véritable caïd qui fait régner sa loi à l'école. Mais quand il s'en prend à Malcolm, celui-ci ne se laisse pas faire et le frappe. Il append alors atterré par l'infirmière que Kevin est d'âgé de seulement sept ans et que c'est en plus le jour de son anniversaire !
Voyant que ses parents ne le punissent pas, Malcolm, qui ne cesse de culpabiliser malgré les efforts de Caroline, son institutrice, décide de participer à un marathon caritatif. Mais si récolter des dons est plutôt facile en se faisant passer pour un invalide, la tâche s'avère plus ardue quand il s'agît de s'entraîner à la course...
Pendant ce temps, Dewey se blesse en tombant de l'arbre situé juste devant la maison. Hal entreprend donc de le couper en l'absence des enfants, au grand dam des voisins qui se plaignent dorénavant d'avoir la vue sur leur maison. Mais la broyeuse destinée à éliminer les branches de l'arbre révèle les multiples autres possibilités de divertissement lorsque Dewey y jette son cartable.
À l'école militaire, le Commandant Spangler fait passer aux cadets des cours sur la sexualité assez déroutants, puisqu'il espère dissuader tous les garçons d'entretenir des relations sexuelles en leur montrant des diapositives des différentes infections. Ec½uré, Francis veut jouer un mauvais tour au Commandant en remplaçant les diapositives par des clichés personnels appartenant à Spangler.
épisode 5:changement de famille
Malcolm souhaite s'offrir un robot hors de prix. Mais Lois refuse de le lui acheter et propose à son fils de faire du baby-sitting qui lui permettra de financer l'achat.
Le soir même, Hal trouve le repère des cafards qui commençaient à se multiplier dans la maison. Mais en dégageant la planque, il libère une multitude de bestioles qui envahissent tout le logement, obligeant toute la famille à séjourner quelques jours dans une caravane placée dans le jardin, le temps de la décontamination. Mais la chaleur est difficile à supporter dans ce petit espace où les disputes éclatent vite. La brouille entre Lois et Hal ne trouve d'ailleurs pas de remède, et plonge le couple dans une austérité totale.
Pendant ce temps là, Malcolm met à profit le conseil de sa mère et garde les enfants d'une riche famille, dans une somptueuse villa. La tâche est d'autant plus aisée qu'il a très peu de travail à accomplir et qu'il a une piscine, un réfrigérateur rempli, et une télévision géante à sa disposition. Mais le garçon déchante vite quand il découvre que la famille le filme à son insu...
À l'école militaire, Francis vole au commandant Spangler la clef qui permet d'ouvrir toutes les portes de l'établissement. Avec son ami Stanley, ils décident de partir à la découverte de coins inconnus du bâtiment, et découvrent au sous-sol le corps momifié d'un ancien concierge. Très vite, la nouvelle se répand chez les cadets la loge de l'ancien concierge devient un endroit à la mode, ce qui ne plait pas à Francis...
épisode 6:poquito cabeza
Stevie invite Malcolm à passer une nuit chez lui. Lorsqu'il s'y rend, Malcolm est étonné de l'emprise que les parents de son ami ont sur lui. A même pas huit heures du soir, les deux amis sont déjà bordés. Malcolm décide alors de faire une escapade nocturne dans les rues de la ville. Tout se passe bien et les deux garçons s'amusent dans une salle de jeux. Mais Malcolm s'aperçoit que la fauteuil roulant de Stevie a disparu. S'engage alors une traversée de la ville à la recherche du fauteuil...
Pendant ce temps, à la maison, Reese souhaite regarder un film d'horreur qui est diffusé à une heure tardive. Les parents lui proposent alors un compromis : s'il parvient à coucher Dewey – lui donner son bain, le mettre en pyjama et lui raconter une histoire – il pourra regarder le film. Reese accepte mais n'est pas au bout de ses peines, tandis que Hal et Lois peuvent profiter de leur soirée et laisser vagabonder leurs désirs...
Enfin, un des pensionnaires de l'école militaire, Finley, est la cible de cinq terminales qu'on surnomme les frères de l'apocalypse. Francis cherche à s'opposer à eux, mais quand Stanley s'absente car sa grand-mère est fiévreuse, Francis n'est plus à l'abri, et se fait vite prendre pour cible des impitoyables frères de l'apocalypse...
épisode 7:la petite évasion
Pendant le petit déjeuner, Lois et Hal découvrent une note de téléphone s'élevant à 210 dollars ! Ils découvrent très rapidement que Francis est à l'origine des principaux appels, puisqu'il téléphone régulièrement à sa petite amie Beebee à partir de son école militaire. Grâce à Malcolm qui lui fournit un code, il peut en effet faire passer ses appels sur la ligne de ses parents. Furieuse, Lois prévient l'école militaire de Francis que son fils est privé de téléphone pendant un mois.
À court de moyens, Francis décide de fuguer de son école militaire pour rejoindre sa bien-aimée. Caché derrière la palissade du jardin, il demande de l'aide à Malcolm, son seul complice, qui lui fournit de la nourriture et invente un stratagème pour éloigner Dewey. Malcolm doit également remettre à Beebee une lettre enflammée de Francis ; il se rend alors compte que Beebee n'éprouve pas le moindre sentiment à l'égard de son frère.
Au dîner, Lois apprend que Francis a fugué de son école, et parvient sans aucune difficulté à obtenir les aveux de Malcolm, qui a tout juste le temps de prévenir Francis. Ce dernier parvient tout de même à rencontrer Beebee, mais elle décide de rompre leur relation, laissant Francis anéanti et sans nouvel objectif...
épisode 8:panique au pique-nique
La classe de Malcolm organise un grand pique-nique auquel est convié toute les familles des "Têtes d'ampoule", au grand dam de Malcolm qui n'est pas enclin à faire son numéro. Francis, à la maison pour le week-end, lui promet de l'aider à s'échapper.
Sur place, Lois rencontre Dorene, la présidente de l'association des parents d'élèves et la mère de Dabney. Très vite, son caractère autoritaire exaspère Lois et encourage les autres mères à se rebeller contre la dame.
Pendant ce temps, Francis fait la connaissance d'une jeune fille et engage avec elle une relation express, condamnant Malcolm à rester et à faire son numéro. Il décide de s'occuper en manipulant quelques produits chimiques.
De son côté, Reese part à la chasse aux "Têtes d'ampoule", constatant qu'il y a du "gibier" ! Mais le grand frère de l'une d'entre elles vient compromettre vient compromettre la traque qui avait bien commencée.
Enfin, Hal décide de participer à la préparation du repas en s'improvisant cuisinier du barbecue, avec l'aide de Dewey. Mais il n'a pas prévu que la majorité des "Têtes d'ampoule" sont allergiques à la viande...
épisode 9:ma mère,ce héros
Malcolm, Reese et Dewey se rendent au magasin Lucky Aide où travaille Lois. En attendant qu'elle ait fini son travail, ils parcourent les rayons du magasin et tombent sur un appareil de démonstration qui les intrigue : une shampouineuse. Même si Lois leur a formellement interdit de toucher quoi que ce soit, la tentation est trop forte : Malcolm et Reese testent donc l'appareil, tandis que Dewey, vexé par une remarque de Resse, s'éloigne.
De retour à la maison, Malcolm et Reese se font disputer et punir par leur mère. Hal trouve Dewey caché dans le jardin, qui finit par lui avouer qu'il a volé une bouteille de cognac d'une valeur de 150 dollars ! Affolée, Lois emmène Dewey à son travail afin qu'il rende la bouteille à son responsable. Mais celui-ci utilise ce prétexte pour licencier Lois qu'il n'a jamais appréciée.
Ne vivant plus que sur le salaire de Hal, toute la famille est contrainte de se serrer la ceinture, ce qui affecte particulièrement Malcolm puisqu'il tente de séduire Julie Houlerman, sa camarade de classe. De plus, Julie, qui entend Malcolm se confier auprès de Stevie, organise une collecte de nourriture pour la famille de son ami.
Pendant ce temps, Francis et Stanley s'improvisent gardes d'honneur dans le concours Teenage Miss Alabama. Francis est au comble du bonheur, jusqu'à ce qu'il s'aperçoive que toutes les filles le croient homosexuel. Il décide alors de tirer parti de la situation...
épisode 10:à fond la caisse
La classe des "Têtes d'ampoule" doit préparer un spectacle de danse qu'elle présentera devant toute l'école. Terrifié à l'idée de se produire sur scène, Malcolm décide alors de sécher les cours, mais son plan tombe à l'eau en apprenant que Hal les emmène à l'école. Cependant, dans la voiture, il apprend que son père propose de les emmener à l'insu de leur mère voir une course automobile, un sport qui passionne Hal.
Sur place, l'expérience apparemment divertissante se révèle franchement ennuyeuse pour les garçons, à tel point qu'ils préfèrent explorer les environs. Dewey se perd dans l'hippodrome et Malcolm et Reese se font attraper par la police dans un stand de mécanique où l'entrée au public était formellement interdite.
Pendant ce temps, Lois recherche désespérément un chèque qu'elle devait encaisser de toute urgence à la banque. En retournant la maison de don en comble, elle y retrouve une mine d'objets compromettants égarés par les garçons. Un peu plus tard, elle reçoit la visite de Caroline, l'institutrice de Malcolm, qui vient lui signaler l'absence de son fils.
De son côté, Francis, pris pour cible par les plus âgés de l'école militaire, s'offre un boa. Mais les complications commencent lorsque le serpent s'échappe dans l'enceinte de l'école...
épisode 11:les funérailles
Helen, la tante de Lois vient de décéder, dévorée par ses chats. Poussée par Lois, toute la famille, à l'exception de Francis, doit de se rendre aux funérailles. Mais cela ne plait guère à Malcolm qui avait prévu de se rendre à un concert avec Julie, d'autant plus qu'il apprend que sa mère détestait sa tante. Il décide alors d'user de tous les stratagèmes pour éviter d'y aller. Hal, qui voulait profiter de l'après-midi pour réécouter ses vieux tubes sur des disques vinyles, se range du côté de Lois et prépare des blagues douteuses pour la cérémonie grâce à une vieille boîte qu'il vient de retrouver.
Seul Reese semble disposé à aller aux funérailles, mais il a un plan en tête : cacher dans le cercueil un cadeau que Hal et Lois voulaient offrir à Dewey pour son anniversaire, un robot qu'il a cassé. Pour ne rien arranger, Francis se plaint par téléphone de ne jamais être tenu au courant de ce qui se passe à la maison, et un nouvel enfant, répondant au nom de "Tête d'½uf" s'invite dans la maison. Il devient un compagnon de jeu pour Dewey.
Pour Lois, la coupe est pleine : elle décrète le quartier libre dans la maison qui devient un véritable capharnaüm, où chacun vaque égoïstement à ses occupations.
épisode 12:pom pom boy
Malcolm se réveille pour aller à l'école, et remarque que son frère Reese est différent : et pour cause, il vient de prendre un bain ! Ses inquiétudes se renforcent lorsqu'il remarque Reese en sanglots dans la salle de bains. En fait, Reese est amoureux d'une fille à l'école, Wendy, mais qui l'évite. Il faut dire la technique de séduction du jeune homme laisse à désirer. Malgré les conseils de Malcolm, Reese décide d'intégrer le groupe des pom-pom girls dont Wendy fait partie ! Il devient alors la risée de l'école à tel point que même les "Têtes d'ampoule" se moquent de lui.
Les parents étant perturbés par le brusque changement d'attitude chez Reese, Lois demande à Hal d'avoir une discussion avec les trois garçons au sujet des relations amoureuses. Il s'attelle à la tâche, schématisant un couple avec un robot et une poupée !
De son côté, Dewey demande à ses parents de lui acheter un "Herbie", une peluche bleue qu'il a vu dans une publicité à la télévision.
Pendant ce temps, à l'école militaire, Francis se fait disputer par le Commandant Spangler pour avoir libéré des grenouilles de laboratoire. Mais une fois dans le bureau, Francis pousse le Commandant à la confidence : il apprend ainsi qu'il a eu une adolescence similaire à la sienne. Le cadet se retrouve également dans le Spangler quand il évoque les relations qu'il entretient avec sa mère...
épisode 13:le mot de trop
Lors d'un match de hockey dans la rue, Malcolm est embarrassé : c'est le seul qui ne porte pas de patins à roulettes. Mais pour prendre des cours, il doit impérativement passer par son père, qui a été un champion de patinage dans sa jeunesse. Le problème, c'est que Reese et Francis ne gardent pas un bon souvenir des leçons de Hal et refusent d'en parler à Malcolm lorsque ce dernier aborde le sujet. Finalement, il fait le premier pas et commence des leçons avec son père. Mais ses méthodes de travail rebutent Malcolm qui est obligé d'apprendre à patiner sans patins à ses pieds !
Ulcéré, Malcolm brave l'interdiction de son père et chausse de vrais patins pour s'offrir un vrai cours. Mais Hal remarque son petit manège et s'empare des rollers de son fils. À bouts de nerfs, Malcolm explose et insulte son père.
Pendant ce temps, Lois est clouée au lit, le dos paralysé après avoir eu une remontrance excessive auprès de Reese. Mais il n'est pas question pour elle de ne pas garder le contrôle de la maison : à l'aide d'écouteurs pour bébés, elle surveille tous les faits et gestes qui se déroulent sous son toit.
Le soir, lorsque Hal demande conseil à Lois sur la façon de gérer l'insulte de Malcolm, il est trop tard : Lois a absorbé ses tranquillisants que Reese a dissout dans son lait. Dans un état second, Hal se retrouve seul pour gérer la situation.
De son côté, Francis veut à tout prix être dispensé du week-end en stage de survie organisé par son école militaire. Il décide donc de simuler les mêmes symptômes dont souffre actuellement sa mère, un mal de dos.
épisode 14:le robot-tueur
Francis vient de se faire opérer à la suite d'une crise d'appendicite. Lois se rend immédiatement à l'école militaire au chevet de son fils pour l'aider dans sa convalescence. Francis voit là une occasion de faire culpabiliser sa mère. Dès son arrivée, elle se confronte et remet à sa place le Commandant Spangler qui, fasciné par un tel caractère, en reste coi. Lois s'attire ainsi la sympathie des autres cadets, au grand dam de Francis.
Pendant ce temps, Malcolm et ses amis, Stevie, Lloyd, Kyle et Dabney, d'autres "Têtes d'ampoule", sont captivés à la télévision par un tournoi de robots-tueurs. Ils décident d'en construire un eux-mêmes secrètement dans la maison de Malcolm.
De son côté, Hal est désemparé en l'absence de sa femme : totalement irresponsable, il ne dort plus et ne se rend plus à son travail. Il apprend le projet des "Têtes d'ampoule" et décide de s'investir totalement dans l'élaboration du robot, au point d'y consacrer des journées entières. Entre un père incontrôlable et ses deux frères qui profitent de l'absence de Lois pour faire des bêtises, Malcolm est dépassé par les événements...
épisode 15:lundimanche
Ce lundi matin, les garçons sont contents : les deux mois sans télévision que Lois leur avait imposé comme punition pour avoir perdu le vélo de Dewey lors d'un pari avec les amis de Francis prennent fin aujourd'hui. Mais Lois, grippée et alitée depuis plusieurs jours, croit encore qu'il est dimanche. Malcolm, Reese et Dewey décident d'entrer dans son jeu et d'en profiter pour ne pas aller à l'école.
Bloqués à la maison, les garçons ne tardent pas à s'ennuyer ferme. Ils reçoivent un appel de Francis qui leur demande d'intercepter une lettre en provenance de l'école militaire et destinée aux parents qui les informe de la nouvelle bêtise de leur rejeton : Francis a détruit une piscine avec un tracteur !
De son côté, Hal passe devant une concession Porsche en se rendant à son travail, et ne peut s'empêcher de lorgner sur les superbes voitures exposées. Un concessionnaire peu scrupuleux prend alors Hal pour cible et tente de le convaincre d'acheter un tout nouveau modèle hors de prix.
Pendant ce temps, les garçons se rendent compte que la grippe de Lois lui a fait perdre sa volonté : sur de simples questions, elle leur révèle toutes sortes d'informations confidentielles. Ils apprennent alors que Francis les a dénoncés sur l'affaire du vélo de Dewey. Quand ils ont la confirmation de l'intéressé par téléphone, les garçons envisagent sérieusement de donner la lettre de Spangler à sa mère en guise de vengeance. Francis appelle donc Richie et ses deux acolytes en renfort pour qu'ils réquisitionnent la lettre.
épisode 16:le liquidateur
Lois et Hal partent en famille dans un parc aquatique pour une journée. Toute la famille, à l'exception de Dewey qui doit rester à la maison en compagnie d'une vieille baby-sitter à cause d'une otite. Dans la voiture, Malcolm et Reese se disputent, car ce dernier a emporté le pince-nez de Malcolm qui l'avait délibérément oublié à la maison.
Dans le parc aquatique, forcé par Lois à mettre son pince-nez, Malcolm ne pense qu'à se venger de Reese. Ainsi, il le ridiculise devant une fille, Émilie. Un peu plus tard, Malcolm est impressionné par un toboggan aquatique, Le Liquidateur. Il décide de le tester, puis redescend, pétrifié de peur, devant les moqueries des badauds. Au détour de l'escalier, il croise son frère, qui lui lâche l'élastique de son pince-nez sur sa figure. La guerre entre eux est déclarée, au grand dam des parents qui voulaient passer une journée tranquille.
Pendant ce temps, à la maison, Dewey s'ennuie devant une baby-sitter peu causante. Mais ils se trouvent vite des points communs : une complicité naît entre eux deux, qui va être de courte durée...
À l'école militaire, Francis dispute une partie de billard avec le Commandant Spangler, mais celui-ci se rend vite compte que le cadet le laisse gagner. Il le convoque dans son bureau et exige qu'il donne le meilleur de lui-même, sans quoi il sera sévèrement sanctionné. Francis s'entraîne alors de manière intensive, mais il est interrompu par les autres cadets : ils s'inquiètent du sort que leur réserve Spangler s'il venait à perdre. Tiraillé entre les deux camps, Francis ne sait pas quelle attitude adopter devant la table de billard...